Pada tanggal 1 Januari 1970 secara resmi IAIM Klaten berdiri sesuai dengan Piagam Pendirian Perguruan Tinggi Muhammadiyah No. 031/III-/Tg.70/79 terdaftar pada Muhammadiyah Majelis Pendidikan (Pengajaran dan Kebudayaan Wilayah No. E.1/011-D/V/79 Pusat No. 031/III-JTg-70/79 tertanggal 17 Dzulhijah 1399 H= 06 Oktober 1979 M.

Berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat Islam Nomor: Kep/D/161/1975 tertanggal 12 Mei 1975 didewasakan, terpisah dari IAIM Surakarta dan berdiri sendiri dengan Fakultas Tarbiyah dan Ushuluddin dengan masing-masing diberi status terdaftar.

Berdasarkan Keputusan Menteri Agama No. 72 tahun 1979 IAIM Klaten mendapat Status DIAKUI SAMA untuk tingkat sarjana Muda (Bacaloreat) Fakultas Tarbiyah dan Ushuluddin Institut Agama Islam Muhammadiyah (IAIM) Klaten Jawa Tengah.

Berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 219 Tahun 1988 tentang Penyesuaian Jalur Dan Program Pendidikan Strata Satu (S1) Serta penataan Kembali Nama dan Unit Jurusan Status Terdaftar Pada Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta tanggal 1 Desember 1988 memberikan Status

Terdaftar untuk Institut Agama Islam Muhammadiyah (IAIM) Klaten, Komplek MAN Sangkal Putung, Klaten

Berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 5 tahun 1989 tentang Penataan kembali Nama Dan Unit Jurusan Serta Penyesuaian Jurusan Program Pendidikan Strata Satu (S1) Status terdaftar Perguruan Tinggi Agama islam Swasta Dalam Lingkungan Kopertais Wilayah II, IV, V, VI dan X, maka ditetapkan IAIM Klaten Fakultas Ushuluddin Jurusan Aqidah Filsafat Status terdaftar.

Berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 450 Tahun 1995 tentang adanya perubahan Nama Institut Agama Islam Muhammadiyah Klaten menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Muhammadiyah Klaten, Penetapan kembali Status diakui Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Muhammadiyah Klaten mengalami perubahan nama sesuai dengan SK dari Departemen Agama RI sesuai dengan peraturan yang berlaku.

Berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat Islam Nomor: Kep/D/161/1975 tertanggal 12 Mei 1975 didewasakan, terpisah dari IAIM Surakarta dan berdiri sendiri dengan Fakultas Tarbiyah dan Ushuluddin dengan masing-masing diberi status terdaftar.

Berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 450 Tahun 1995 tentang perubahan Nama Institut Agama Islam Muhammadiyah Klaten menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Muhammadiyah Klaten, Penetapan kembali Status Diakui Program Sarjana (S1) Jurusan Pendidikan Agama Islam (Tarbiyah), Penetapan kembali dan pemberian Status Terdaftar Program Sarjana (S1) Jurusan Aqidah Filsafat (Ushuluddin) dan Jurusan Ahwal Al-Syakhsiyah (Syari’ah). Tertanggal; 20 September 1995.

Berdasarkan Koordinator Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta (Kopertais) Wilayah X Jawa Tengah Nomor 10 Tahun 1999 tentang Pemberian ijin operasional Penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Agama Islam dan Program Akta IV Bagi PTAIS Berstatus Diakui dan Terdaftar di Lingkungan Kopertais Wilayah X Jawa Tengah tertanggal 25 Oktober 1999 menetapkan pemberian ijin operasional bagi berdirinya Program Akta IV STAI Muhammadiyah Klaten.

Berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Nomor: E/17/2000 tentang Penetapan Kembali Status Diakui Program Strata Satu (S1) Jurusan Pendidikan Agama Islam dan Penetapan Kembali Status

Terdaftar Program Strata Satu (S1) Jurusan Aqidah Filsafat Sekolah Tinggi Agama Islam Muhammadiyah Klaten tertanggal: 7 Februari 2001. Berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam Nomor: Dj.II/36/2004 tertanggal 8 Maret 2004 tentang Perpanjangan Izin Penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Agama Islam Jurusan Tarbiyah dan Program Studi Aqidah Filsafat Jurusan Ushuluddin, Program Sarjana (S1) Sekolah Tinggi Agama Islam Muhammadiyah Klaten.

Berdasarkan Keputusan Koordinator Kopertais Wilayah X Jawa Tengah Nomor: 03 Tahun 2004 Tentang Pemberian Izin Pendirian dan Perpanjangan ijin penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Agama Islam dan Program Akta IV Bagi PTKIS di Lingkungan Kopertais Wilayah X Jawa Tengah memberikan Perpanjangan izin STAI Muhammadiyah Klaten. Berdasarkan Surat Keputusan BAN-PT No: 017/BAN-PT/Ak-XI/S1/VIX/2010, Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) dinyatakan telah mendapat akreditasi B dan Pada tahun ajaran 2021/2022 telah di buka Program Studi Pendidikan Islam Anak Usia Dini.

Visi: "Terwujudnya Sekolah Tinggi Agama Islam Muhammadiyah yang Unggul, Menghasilkan Lulusan yang Beriman dan Bertaqwa pada Allah SWT, Berakhlak Mulia, Berilmu, Cakap, Kreatif dan Mandiri."

Misi:

• 1) Melaksanakan kegiatan Pendidikan Tinggi Muhammadiyah dalam studi Keislaman yang dinamis, menggali, mengembangkan, dan menyebarluaskan ilmu pengetahuan dalam rangka membangun masyarakat Indonesia sebagai masyarakat utama.
• 2) Mengembangkan dan memberdayakan masyarakat melalui proses pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat.
• 3) Melaksanakan kegiatan proses pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat berdasarkan Al-Quran dan As-Sunnah Al Maqbulah sebagai sumber pijakan.
• 4) Meningkatkan kualitas dan kuantitas SDM (dosen, staf, dan karyawan) melalui pendidikan berkelanjutan.
• 5) Melengkapi dan meningkatkan sarana prasarana pendidikan.
• 6) Mengembangkan dan menguatkan (Empowering) dalam kepemimpinan, berorganisasi, ketrampilan, dan kemandirian di lingkungan staf dan mahasiswa.

Tujuan:

• 1) Mampu berperan sebagai pusat studi keislaman sesuai dengan konsentrasi keilmuan.
• 2) Mewujudkan kampus sebagai masyarakat akademik yang handal, didukung budaya ilmiah, menjunjung tinggi kebenaran, terbuka, kritis, inovatif, serta tanggap terhadap dinamika perubahan masyarakat luas (regional, nasional maupun global).
• 3) Menggali ajaran Islam, Ilmu pengetahuan, mengembangkan dan menyebarluaskan sesuai dengan Al-Quran dan As-Sunnah Al Maqbulah.
• 4) Mewujudkan Prodi STAI Muhammadiyah Klaten sebagai sekolah tinggi penelitian (research institution).
• 5) Meningkatkan mutu sarana prasarana pendidikan dan teknologi, serta mewujudkan atmosfir akademik yang kondusif, harmonis, sinergis, serta bermanfaat bagi masyarakat luas.
• 6) Menjalin, meningkatkan, dan memelihara kerja sama yang saling menguntungkan dengan stakeholder baik swasta maupun pemerintah.
• 7) Meningkatkan produktifitas dan kualitas luaran dalam rangka mewujudkan Prodi STAI Muhammadiyah Klaten sebagai kader bangsa, kader umat, dan kader perserikatan untuk menuju tercapainya Pendidikan Agama Islamnya masyarakat utama.