Visi:

"Mewujudkan lembaga Al Islam dan Kemuhammadiyahan yang unggul dalam ajaran agama sesuai dengan Al-Qur’an dan As-Sunnah."

Misi:

1. nilai-nilai al-Islam dan Kemuhammadiyahan dalam pendidikan, penelitian, dan pengabdian masyarakat.
2. Melaksanakan riset Al-Islam dan Kemuhammadiyahan berorientasi pada Al-Qur’an dan As-Sunnah.
3. Menyelenggarakan kajian al-Islam dan Kemuhammadiyahan dalam lingkup intern dan ekstern.
4. Melaksanakan kerjasama dengan Persyarikatan atau Amal Usaha Muhammadiyah (AUM).

Misi:

1. Melaksanakan penelitian AIK berorientasi pada Al-Qur’an dan As-Sunnah.
2. Menyelenggarakan kajian keIslaman bagi dosen dan karyaan STAI Muhammadiyah Klaten.
3. Mengadakan program membaca Al-Qur’an bagi dosen, karyawan, dan mahasiswa STAI Muhammadiyah Klaten.